Kota Jayapura memiliki topografi berbukit, daratan dan lautan. Topografi yang beragam ini menjadi keunikan dan daya tarik kota Jayapura yang akhirnya menarik pengunjung untuk datang berkunjung dan tinggal di kota Jayapura. Dinamika ini menyebabkan aktivitas kota yang sangat tinggi dan cepat berkembnag. Pembangunan kota yng tidak terintegrasi dengan kawasan sekitarnya didukung dengan ketidak tersediaanya sarana dan prasarana menimbulkan permasalahan yang kompleks seperti masalah kesehatan lingkungan, pencemaran, penyediaan air minum dan sebagainya.
Rencana Strategi Air Minum dan Penyehatan Lingkungan Kota Jayapura 2009-2014 telah selesai disusun oleh Pokja AMPL dan akan menjadi acuan bagi pembangunan AMPL di kota Jayapura. Saat ini pelayanan Air Minum sudah mencapai 80% dimana 20% merupakan pelayanan PDAM dan 60% lainnya dilayani oleh sistem air minum yang dikelola oleh swasta dan masyarakat, sehingga masih tersisa 20% masyarakat yang belum terlayani air minum. Terkait dengan bidang sanitasi, saat ini pemerintah kota sedang melakukan pembenahan dengan melakukan perubahan perilaku kepada masyarakat khususnya di bidang persampahan dengan membentuk lokasi-lokasi percontohan dimana masyarakat mulai mengelola sampah dari sumbernya. Untuk program air limbah rumah tangga, akan dibangun sarana septic tank komunal yang menjadi pengganti jamban dengan cubluk dengan prioritas pada lokasi bantaran sungai dan pantai dan sekaligus mengalihkan penggunaan saluran drainase untuk saluran air hujan bukan saluran pembangunan limbah cair dan padat dari rumah tangga.